Наукове видання Івано-Франківської академії Івана Золотоустого має тривалу історичну традицію, що сягає 1931 року, коли вперше у нашому місті з благословення єпископа блаженного Григорія Хомишина побачив світ перший випуск журналу «Добрий Пастир», присвяченого «богословським і церковним справам». Його видання було перервано 1939 року. Відтак, з виходом УГКЦ з підпілля, часопис «Добрий Пастир» відновлено як «офіційний вісник» Івано-Франківської єпархії УГКЦ (1992 – 1994 рр.). Розвиток вищого богословського навчального закладу УГКЦ в Івано-Франківську – від теологічно-катехитичного духовного інституту до теологічної академії та богословського університету – впродовж 1990–2018 рр. поставив на порядок денний питання про заснування наукового видання, метою якого є сприяння розвитку богословської освіти і науки. Це питання ставало предметом обговорення на засіданнях вченої ради Івано-Франківської теологічної академії УГКЦ.
У березні 2007 р., з нагоди ювілею Івано-Франківської духовної семінарії, декретом Правлячого Архієрея Івано-Франківської єпархії УГКЦ Володимира Війтишина, з ініціативи віце-ректора з наукової роботи Івано-Франківської теологічної академії УГКЦ о. Р. Горбаня, офіційно засновано наукове видання – «Науковий вісник ІФТА «Добрий Пастир». Серія: Теологія».
Спершу, в грудні 2006 р., до складу робочої науково-редакційної колегії наукового вісника ІФТА «Добрий Пастир», окрім єпископів доктора богослов’я Володимира Війтишина і доктора канонічного права Софрона Мудрого, увійшли також науковий редактор доктор богослов’я о. Річард Горбань, технічний редактор о. Ігор Пелехатий, члени редколегії – кандидат філологічних наук і професор ІФТА о. Іван Козовик, доктор східного канонічного права о. Олег Каськів, доктор богослов’я о. Святослав Кияк, доктор богослов’я і кандидат мистецтвознавства Дмитро Степовик, доктор фізико-математичних наук Іван Климишин, доктор богослов’я Володимир Шеремета.
Пізніше, у березні 2007 р., за стараннями проректора ІФТА з наукової роботи о. Р. Горбаня було створено два органи «Наукового вісника ІФТА «Добрий Пастир». Теологія» – редакційну раду та редакційну колегію, склад яких було значно розширено завдяки залученню відомих науковців, серед яких були, зокрема, доктор богослов’я Петро Сабат, ліцензіат богослов’я о. Олександр Левицький, доктор філософії і доктор права о. Іван Луцький, доктори філософських наук Степан Возняк, Михайло Марчук і Микола Сидоренко, кандидат філософських наук Ярослав Козьмук, доктор психологічних наук Віктор Москалець, доктори історичних наук Василь Балух, Ігор Андрухів і Василь Марчук.
У 2007–2011 рр. було опубліковано перших чотири випуски «Наукового вісника ІФТА «Добрий Пастир». Серія: Теологія»», в яких за декількома науково-тематичними рубриками розміщено статті науковців, переважно з Івано-Франківської теологічної академії УГКЦ і Прикарпатського національного університету імені В. Стефаника, а також з Українського католицького університету у Львові, Тернопільської вищої духовної семінарії імені Патріарха Йосифа Сліпого УГКЦ, Інституту релігійних наук імені св. Томи Аквінського (РКЦ).
У 2014–2017 рр. видано наступні сім випусків наукового вісника, спершу навіть збільшено періодичність до двох випусків на рік, змінено рубрикацію статей, що пов’язано з публікацією статей за результатами Всеукраїнських науково-практичних конференцій, проведених на базі Івано-Франківського богословського університету імені Івана Золотоустого. У цей же період покращено якісний склад редколегії видання, доповнений науковцями з Польщі, з Люблінського католицького університету, та із наукових установ та вищих навчальних закладів України – з Києва, Львова, Тернополя, Чернівців. Удосконалено вимоги редколегії до публікації наукових статей. Суттєво розширено тематику наукових публікацій та географію авторів-науковців.
Створення Івано-Франківської академії Івана Золотоустого у травні 2018 р., отримання державних ліцензій на підготовку бакалаврів та магістрів з богослов’я у 2018 та 2019 роках спонукало до підвищення рівня наукового видання Академії. З метою сприяння розвитку богословських, філософських, історичних та інших соціально-гуманітарних наук, плекання інтелектуального життя Церкви, сприяння всебічному осмисленню християнського світогляду, публікування результатів дисертаційних робіт ректорат Академії здійснив у Міністерстві юстиції України державну перереєстрацію наукового видання на всеукраїнському рівні.
6 лютого 2019 року Міністерство юстиції України видало свідоцтво про державну реєстрацію друкованого засобу масової інформації – «Науковий вісник Івано-Франківської академії Івана Золотоустого УГКЦ «Добрий Пастир». Богослов’я. Філософія. Історія».